在企业日常经营活动中，增值税专用发票是进行税务处理的重要凭证之一。然而，在实际操作中，可能会遇到一些特殊情况，比如增值税专用发票的发票联丢失，而抵扣联却完好无损的情况。这种情况下，是否可以将抵扣联作为入账依据呢？

首先，我们需要明确增值税专用发票的作用和意义。增值税专用发票分为三部分：发票联、抵扣联以及记账联。其中，发票联通常用于购货方留存以备查验；抵扣联则是用于购买方申请增值税进项税额抵扣的重要凭证；记账联则用于销售方的会计核算。

当发生发票联丢失时，关键问题在于如何确保企业的财务处理符合相关法律法规的要求。根据我国现行的《增值税专用发票使用规定》及相关税收政策，如果企业能够提供以下材料并满足一定条件，则抵扣联仍可作为合法有效的抵扣凭证：

1. 取得合法有效的抵扣联：即抵扣联本身必须真实、完整且未被篡改。

2. 提供书面说明：企业需要出具一份书面说明，详细描述发票联丢失的具体情况，并承诺对由此产生的任何后果负责。

3. 留存相关证明文件：如合同、付款凭证等其他能佐证交易真实性的资料。

4. 向主管税务机关备案：有些地区可能要求企业在发现发票联丢失后及时向当地税务机关报告备案。

需要注意的是，在某些特定情形下（例如存在虚开增值税专用发票的风险），即使抵扣联齐全也可能无法正常抵扣税款。因此，企业在面对此类问题时应保持高度谨慎，必要时可咨询专业税务顾问或联系当地税务局获取具体指导。

综上所述，只要符合条件并妥善处理相关事宜，即便增值税专用发票的发票联丢失，其抵扣联依然可以用于入账及申请增值税进项税额抵扣。不过，为了避免不必要的麻烦，建议企业在日常工作中加强对增值税专用发票的管理，避免类似情况的发生。

希望以上内容对您有所帮助！如果您还有其他关于财务管理方面的问题，欢迎随时提问。